1月28日，“丝路遗珍汇天山——西北五省文物精品展”为主题的文物精品展在新疆维吾尔自治区博物馆开幕，由龟兹研究院参展的主题为“丝路梵韵——龟兹石窟壁画艺术展”共展出50余幅精美龟兹壁画临摹作品，展览为期3个月。
    3月6日中午，文化厅第六工作组进驻新疆龟兹研究院。
    3月13日晚，自治区文化厅党组书记、副厅长任华同志一行驱车来到新疆龟兹研究院驻地克孜尔石窟慰问研究院各族干部职工和文化厅“访民情、惠民生、聚民心”第六工作组驻龟兹石窟研究院的部分工作人员。
    3月27～29日，新疆龟兹研究院副高以上研究员在克孜尔千佛洞举行了12场关于龟兹佛教、古代文字、壁画保护、绘画技法研究等专业性强的学术讲座。
    3月30日上午，研究院党委组织全院职工有幸参观了自治区博物馆在克孜尔乡举办的“新疆三史”、“古代民族服饰”图片巡展。
    4月13日，自治区文化厅党组副书记、厅长穆合塔尔•买合苏提一行来到龟兹研究院考察调研工作，并到各石窟点慰问各族干部职工和文化厅“访民情、惠民生、聚民心”第六工作组驻龟兹研究院工作人员。
    5月份，龟兹研究院承担的克孜尔尕哈安防系统、森木塞姆石窟安防系统建设工程和库木吐喇石窟防洪二期建设工程、森木塞姆石窟抢救性文物保护基础设施建设工程，以及克孜尔石窟壁画修复（与中国文化遗产研究院合作项目）、库木吐喇石窟揭取壁画修复（与中国文化遗产研究院合作项目）、院馆藏文物修复（与中国文化遗产研究院、荆州文保中心合作项目）等工程与可移动文物普查工作相继全面开工。
    5月，在龟兹研究院实习的 “2013年西北大学新疆文物保护专业高级研修班”分为四个组，分别在文物保护所、资料信息中心、文物管理部及库木吐喇石窟研究所进行为期三个月的实习。
    5～8月，龟兹研究院与中国文化遗产研究院共同合作完成了克孜尔石窟谷内区92、101窟，后山区206、219窟壁画抢救性保护修复工作。
    6月14日，在我国第九个文化遗产日，新疆龟兹研究院举办主题为“让文化遗产活起来”的活动，当天克孜尔石窟免费向游人开放。
    6月22日，当地时间10时49分，在卡塔尔首都多哈召开的第38届世界遗产大会上，中国、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦三国联合申报的“丝绸之路：长安-天山廊道的路网”成功入选《世界遗产名录》，标志着克孜尔石窟已正式列入“世界文化遗产”名录。
    6月23日，为庆祝克孜尔石窟成功申遗，由拜城县人民政府和龟兹研究院在克孜尔石窟联合举办了“丝绸之路：长安-天山廊道的路网”申遗庆祝活动。
    6月29日，库木吐喇石窟目前正在修建的防洪二期工程围堰遭受暴雨破坏；森木塞姆石窟进入保护区的公路路面遭受泥石冲毁；台台儿第15窟窟内地面有泥水淤积，龟兹研究院积极组织保护人员进入窟内对地面淤泥进行清理，该石窟文物护理员家看护房院内林带也遭受了洪水的冲毁；温巴什石窟进入保护区内的公路也遭受了暴雨所形成的洪水冲毁，使车辆无法进入。
    7月，为加快青年专业人才培养进程，适应新疆龟兹研究院当前业务发展的需要，从年初开始酝酿导师制培养计划，经过半年的准备，正式启动。目前，全院24名青年业务人员与7名导师（副高以上）建立了导师和培养人关系，培养计划正在制定中。
    8月15～21日，新疆龟兹研究院与日本东京艺术大学完成了合作开展的《中日对克孜尔石窟部分洞窟壁画材料和制作技法进行研究的项目》第二年度任务。
    8月，阿艾石窟壁画保护修复工程开工。
    8月20～21日，自治区文化厅党组成员、文物局局长盛春寿，文物保护处处长李军等前来新疆龟兹研究院进行调研。
    8月21日，新疆龟兹研究院“无线环境监测中心”和“海外新疆文物档案室”在克孜尔石窟成立，自治区文化厅党组成员、文物局局长盛春寿和新疆龟兹研究院院长徐永明为中心和档案室揭牌剪彩。
    8～10月，龟兹研究院与中国文化遗产研究院共同合作完成了克孜尔石窟谷东区171、172窟，谷内区104、107窟壁画抢救性保护修复工作。主要进行了壁画表面清理、起甲壁画回帖加固、粉化壁画加固、空鼓壁画灌浆加固、壁画边缘加固、裂隙填充、壁画表面封护等工作。
    8月29日，新疆龟兹研究院副研究员、研究室主任苗利辉被自治区宣传部选派为“西部之光”访问学者前往中央美术学院研修。
    8月，院藏纸质文物保护项目开工。
    8月，院藏纺织品文物保护修复项目开工。
    8月，院藏竹木漆器文物保护修复项目开工。
    9月9～21日，德国电视二台前来克孜尔和库木吐喇石窟拍摄“文化历史电视纪录片”，随同前来的还有德国柏林亚洲艺术博物馆馆长鲁克斯。
    9月12日，森木塞姆石窟壁画保护修复工程开工。
    9月18～21日，“中国梦•丝路情”新疆画院采风团在克孜尔石窟开展了为期四天的主题采风活动，并与龟兹研究院美术所画家进行了座谈交流。
    9月20日，国务院新闻办五洲传播中心来克孜尔千佛洞拍摄纪录片《阿克苏苹果红了》。
    9月，龟兹研究院与中国文化遗产研究院共同合作完成了阿艾石窟壁画抢救性保护修复工作。
    9～10月，完成了森木塞姆32窟壁画抢救性保护修复工作。
    9月27日下午，自治区党委常委、宣传部部长李学军出席完在拜城县召开的“自治区‘去极端化’宣传教育经验现场会”之后，在阿克苏地委书记窦万贵、自治区党委副秘书长景海燕、自治区人民政府副秘书长姚晓君的陪同下考察了克孜尔石窟。
    9月30日，为庆祝中华人民共和国建国65周年，龟兹研究院组织全院各族职工召开了“中国梦 我的梦”座谈会。
    10月底，完成139幅馆藏揭取壁画修复。
    10月21日，德国柏林亚洲艺术博物馆修复专家Gabsch和材料分析研究专家Birgit一行来到克孜尔石窟进行考察交流。