唐麟德元年(公元664年)玄奘圆寂于玉华寺,初葬长安东南白鹿原。
唐总章二年(公元669年)为迁葬玄奘灵骨于今址起塔。
次年(公元670年)建寺,全称“大唐护国兴教寺”。
唐永淳元年(公元682年),窥基墓塔始建。
唐太和二年(公元828年)重修寺院。
唐大和三年(公元829年),窥基墓塔重建。窥基塔始建于唐永淳元年(公元682年),太和三年(公元829年)重建。
武则天万岁通天元年(公元696年)圆测圆寂,遗骨分葬龙门香山寺北谷和终南山丰德寺东岭。
北宋政和五年(公元1115年),又将丰德寺的一部分圆寂遗骨迁葬于玄奘塔侧,与窥基塔并排相伴。
清同治年间(1862-1874)寺殿悉毁于兵火,唯存兴教寺塔以及玄奘弟子窥基和圆测的墓塔。
民国十一年(公元1922年),再度重修寺院,建大殿。
1961年3月4日,国务院公布兴教寺塔为第一批全国重点文物保护单位。1956年,加固玄奘塔顶并安装避雷装置。
1975年,修建寺院围墙和排水、护坡工程。
1983后,针对玄奘塔向南倾斜采取了抢救措施,用砖石水泥筑砌塔南护坡,用水泥砖漫铺塔基周围,并在地下修排水道。
1992年,陕西省政府公布了兴教寺塔古建筑保护范围。建立了兴教寺塔文物记录档案和寺院安全保卫制度。
2006年和2012年,兴教寺塔作为“丝绸之路”的遗产点之一,列入中国世界遗产预备名单。