最早于明神宗万历四十六年（1619）当地僧人喜饶尼玛所建，后来寺院逐渐兴盛起来，许多藏传佛教高僧在此寺居住过，达隆佛罗桑尼玛曾做过法台。清乾隆时期，在鲁家土司的支持下，成为正规的格鲁派寺院。清道光八年（1828），扩大了寺院规模，修建了堪布昂欠和鲁家昂欠，僧人超过1000多人，内有3座经堂。同治年间，该寺如同天祝境内其它寺院一样，遭到战火毁坏，后一部分迁至今永登大有乡旧寺沟，由于此地僧俗人员饮水异常困难，遂又迁到今天祝古城地方，称为古城寺，自此以后东大寺逐渐走向衰落。

该寺先为萨迦派和噶举派寺院，明末清初改宗为格鲁派寺院。寺内设有闻思学院、上下密宗学院，成为当时仅次于天堂寺的第二大，在天祝、永登、青海湟水以北地区颇有影响。寺院原藏有藏文大藏经《甘珠尔》和《丹珠尔》等许多经卷，还设有木版印经院。据记载，达赖六世曾在此寺任过堪布，至今还存有他用过的法器数件。寺内富有汉藏民族特色的壁画，造型美观，各具神态。

该寺原为永登县所辖，1956年划归天祝县，1958年以后大部分被毁。1980年重新开放，现有僧人和管理人员共10人。