新疆文物考古研究所1994年对东城门进行了发掘。东门是交河故城中保存最好，规模最大的一处城门。它是用“减地法”在邻台地东部的断崖处向下挖出的一个半圆形空间，直径35米，周壁直立，壁高8-10米。中部用土坯砌起东西向长8.3米，宽2-2.5米的主门道，主门之西又侧门。

经发掘，在东门的半圆形空间内发现6眼古井，一眼装满圆形卵石的擂石坑，东南侧壁上还清理出两间居高临时下的龛状岗楼。由遗址分析，半圆形空间内部的相关设施构成了出入该城的主要通道及防护体系，其功能与中原地区古代城市结构中常见的瓮城是一致的。只不过前者被包容在城市整体布局之内，后者则是在城门之外另筑小城。