东黑沟遗址是东天山地区规模最大、内涵最丰富的古代游牧文化聚落遗址之一，共发现石结构房址500余座，墓葬近1000座，岩画近2500块。东黑沟遗址石筑高台和石围居住基址的年代均处于商代晚期至西周时期，是古代人类居住生活的场所，石筑高台级别较高。这些房址普遍经过了多次使用，多层室内地面上见有灶、灰坑、柱洞等遗迹，并保留有仍放置在原地的大型陶炊器、粮食储藏器、饮食器，石磨盘、石磨棒、石锄等农业工具，以及大麦、家畜骨骼等动植物遗存。墓葬的年代大多集中战国晚期至西汉。较大的墓葬流行完整殉马或骆驼，有的还有人牲的习俗。

石筑高台和石围居住基址，为一组复合建筑，总面积超过3000平方米，由多座单间、套间房屋和人工平台相连构成，规模最大的石筑高台位于南部中心。推测石筑高台为中心建筑，套间房可能代表一个日常居住生活单元，单间房是附属设施。石筑高台上层使用面南部以石砌灶为中心，周边围绕8个大型石磨盘。灶附近分布有原地破碎的陶釜、陶双腹耳深腹罐，石磨盘附近分布有石磨棒、石杵、石锄等农业工具。石筑高台下层使用面上叠压着一层木炭堆积，有的木炭保存较好，能观察到木构屋顶的结构。其上又有一层纯净的土坯堆积。因此推测高台顶部为木构架，以土坯覆盖，因起火而被突然废弃。石筑高台下层使用面南部也以石砌灶为中心，周边除了与上层使用面同样的陶器、石磨盘等遗物之外，还分布有器座坑、储粮坑、羊骨坑。室内有排列整齐的柱洞，有的还有碳化的木柱残余。F1-F4均位于石筑高台北侧，南北相连并排分布，墙体共用。结构基本一致，均为前后双套间房，门道向东。前间较为空旷，后间分布有灶、灰坑、柱洞、石磨盘、羊骨、陶器、石器等遗迹遗物。储粮坑，H19坑底经过夯打和烘烤，放置成堆的碳化大麦，说明了人类储藏粮食的行为。

墓葬流行木葬具或石葬具，单人仰身直肢葬，上半身常被扰乱。较大墓葬常见完整的殉马或骆驼。有的墓葬还见有人牲，多被肢解。墓葬中，墓主和人牲出土遗物显示不同的文化面貌，代表了征服者和被征服者的关系。