该寺内主供弥勒佛，并建有很多修行洞，是高僧大德修炼的地方，据西藏宗史记载，历代高僧大德如藏王松赞干布和第一位王妃蒙萨在这里修过禅，藏传佛教前宏期开山祖师来自印度乌仗那地方的莲花生也在这里留下了身影。

每一个重要教派都在崖峰间建有道场，还有很多形状各异、规模不同的洞窟，洞里塑的神女菩萨像及各种壁画，栩栩如生，借着柔和的光，置身于洞内，便生出一种遨游仙境的感慨，这里的每一个洞窟都有一段美妙的传说和与之相应的命名，诸如月亮窟、拉隆窟等。她极为特殊的地理位置和神奇的历史传说，西藏老百姓口头常流传着这样的谚语:"到了拉萨不去叶巴寺，好像做件新衣服没领子"，意为美中不足，留下终生的遗憾。至今她仍是众高僧修行的圣地，各界人士观光、旅游、考古、朝拜的必到之地。

查叶巴寺是当年藏王松赞干布为赤尊公主建造的修行神庙之一，因坐落于叶巴沟而得名。后来由于先后有古印度佛学大师、藏传佛教后弘期第一传人阿底峡、藏王松赞干布以及莲花生大师等多位著名人物在此苦修，因此这里又成为了西藏四大隐修地之一。

由于查叶巴寺建筑基本都是依山而建，所以面积都不大，而且很多殿堂从外面看比较方正，但到了里面墙面都是不规则的山体，有些甚至是在崖壁上开凿的洞穴。虽然殿堂不大，但里面供奉的佛龛很多很多，只要有块地方，就会有量身定制、大小合适的佛龛置身其中，而且其中的佛像也是制作精良、颜色鲜艳，一盏盏酥油灯也给佛像带来奕奕的神采。

在查叶巴寺整个建筑群里，有三个殿堂让人印象比较深。其中第一个有黄白两座殿堂，门口还有一座单独的小屋，里面正点着上百盏酥油灯。走进主供殿堂，迎门便是两排藏式的长凳，上面摆满了一套套装叠整齐的僧衣，这里是僧人们集中修行的地方。这里主供的佛像，足足有三层楼高，这里就是著名的"桑阿林--强巴佛殿"，据说这里的强巴佛像是前藏地区最高的。

离"桑阿林"不远处，是一座外墙为白颜色的院落，门内的走廊完全就是在山体中掏出的一条小的隧道。沿着隧道猫着腰走进去，一下子就看到里面供奉着的佛像-莲花生大师，是扎叶巴寺里另外一个非常有名的"莲花生洞。

最后一座殿堂，是整个查叶巴寺中建造最为宏大、最为规整，几乎也是唯一一座没有依山体建造的殿堂。殿堂外表红黄两色非常鲜艳，屋顶也矗立着金色的神鹿、法轮和经幢，与其他建筑相比，不仅醒目而且非常有气势。一层的佛像面目慈祥，头顶上有五彩的蛇头。而二层供奉的则是藏王松赞干布和包括赤尊公主在内的妃子，这里是整个查叶巴寺最初修建、也是最为重要的殿堂。

当然，做为西藏四大隐秘修行地、门口的牌子又写着"石窟寺"，查叶巴寺除了有这么多依山而建、内含石洞的殿堂外，在更高的山体上还散布着很多没有任何建筑修饰的石窟，远远望过去，还能看到洞窟好像也有供奉的造像和点燃的酥油灯。