寺中珍藏有举世罕见的宝物，即该寺第六任池巴释迦索南的两条径骨和空行母丝萨曲珍的头颅。在释迦索南右径骨上端的骨缝四周天然生成着微小的释迦牟尼、观音菩萨、无量光佛、护法神、度母五尊佛像;左胫上端天然生成着微小的释迦牟尼佛像和4个白色舍利;在度母化身空行母丝萨曲珍的头颅上天然生成着三个藏文字母和度母像。原嘎东寺已被毁坏，1985年在原址上重新修建了嘎东寺。每年藏历7月29日，寺院举行"驱鬼"仪式。

嘎东寺1656 年，第四世大慈法王 · 释迦索南( 1592 - 1671 年)就任嘎东寺第六任池巴(住持)。他一面重整寺风，一面到各地讲经说法，募集资金，扩建寺院。在他主寺六十年间，除重修和扩建了旧有的殿堂以外，又新建大小殿堂 10 余座。他还亲自从拉萨等地募集铜铁和金箔，修建了两座金瓦殿。 1607 年，他创建了专修密宗的阿瓦扎仓，在寺内建立起完整的由显到密的学经系统。由于释迦索南法王的苦心经营，他在世时，寺中僧侣达 2000 余人，有房室 1000 余间;属寺 21 处，僧侣 1000 余人;拥有庄屯和牧区部落各 10 余处;成为格鲁派在嘎东最大的寺院，取得了与日喀则扎什伦布寺同等的地位。

从第四世大慈法王 · 释迦索南起，历代大慈法王成为嘎东寺当然的法台，他们在任期内，都对寺院进行过修葺和扩建。建于这一时期的主要建筑和机构有印经院、时轮扎仓、和佛殿、经堂、僧舍多座。四世大慈法王圆寂后，曾建灵塔保存舍利，并建供放灵塔的金顶祀殿。可惜在文化大革命中，这些精美的建筑大部被毁。 1985年，国家拨款重建。在第八世大慈法王 · 释迦丹增的主持下，佛殿、经堂和祀殿历时四年竣工，供奉着释迦牟尼、宗喀巴师徒3尊、度母等佛像。