北元为元朝崩溃后在漠北的延续，存续时间非常短（1368~1392年），期间并无年份干支属于癸未年的，可见永昌金印不会是北元遗物。鞑靼和瓦剌均是在北元基础上产生的漠北蒙古部族政权，与北元有千丝万缕的联系，境内通行回鹘式蒙古文字。鞑靼和瓦剌如果铸印，受到蒙元制度的影响，高等级印章的印文也应采用回鹘式蒙古文字。永昌金印显然不符合这一要求，也应与鞑靼和瓦剌无关。

亦力把里、叶尔羌、土鲁番地处西域，由东察合台汗国分裂而来，文化制度上受到阿拉伯文化的强烈影响，突厥化和伊斯兰化的色彩非常浓厚，比如铸币文字就多采用阿拉伯文或察合台文。如果这三个西域民族政权铸印，显然也应如铸币文字一样，印文也应采用阿拉伯文或察合台文。永昌金印也与之不符，不可能是西域民族政权所铸。

在1644年未入关之前，后金（清）主要活跃于东北地区，制度上受明王朝的影响颇多，纪年上也采用皇帝年号，后金时期的太祖努尔哈赤和太宗皇太极两位帝王就分别建有“天命”、“天聪”和“崇德”三个年号。如果永昌金印为后金（清）所铸，癸未年应为皇太极崇德八年，则金印上的纪年文字应作“崇德八年”或“崇德癸未”，而不应是纯干支。而且，东北地区与永昌金印的出土地相隔十分辽远。综合起来看，永昌金印为后金（清）所铸的可能性也很低。

在排除了明王朝和地方民族政权之后，永昌金印的铸造者就只能是明代农民起义军了。永昌金印纯用干支“癸未”来纪年，一反正统王朝官印的做法，带有挑战明王朝政治权威的意味，正符合明代农民起义军反抗明王朝统治的做派。

据方诗铭先生《中国历史纪年表》和陈久金先生《中朝日越四国历史纪年表》的梳理，有明一代，建立过政权的农民起义军先后有田九成、黄萧养、叶宗留、王斌、李添保、刘通、张琏、蔡伯贯、徐鸿儒、张普微、李自成、张献忠等十余支，除李自成、张献忠为代表的明末起义军外，其余农民起义军活动的干支年份中，均没有“癸未年”。明朝二百七十七年历史中，干支年份为“癸未年”的有五个，分别为永乐元年、天顺七年、嘉靖二年、万历十一年和崇祯十六年。据《明史》所载，在这五个年份中，除崇祯十六年外，其余四个年份均未见农民起义军活动。可见，永昌金印上的“癸未年”所指，应该是明末的崇祯十六年，即公元1643年。此印的铸造者应为明末起义军。其时，无论是李自成，还是张献忠，均尚未称帝改元正式建立政权。

从上文所述可知，永昌金印铸造于明崇祯十六年，为明末农民起义军所铸。崇祯末年，明末农民起义军逐渐汇流为李自成、张献忠两支。有的学者认为，印文“永昌”二字用的是李自成起义军的永昌年号，故其可能与这支起义军有关。据《明史•李自成传》记载，李自成建国“大顺”，改元“永昌”，乃是在攻占西安之后的崇祯十七年正月，晚于永昌金印的铸造时间。因此，永昌金印的“永昌”二字与李自成的年号无关，应该只是一种吉语文字。

从印文内容可知，永昌金印是一枚最高军事统帅的印章。李自成曾称“大元帅”。清彭孙贻《流寇志》载，崇祯十六年正月，“李自成既陷荆襄鄢郢，席卷河南，群盗附之……曹操、革里眼、老回回、争世王、治世王、胡闯皆奉自成号令，共推自成为盟主，号奉天倡义文武大元帅”。清计六奇《明季北略》亦载，“癸未四月，自成既广收部曲，群贼俱奉号令，遂据襄阳，号曰襄京……修襄王宫殿，设官分职，自称倡义大元帅”。清吴殳《怀陵流寇始终录》亦谓，“闯贼据襄阳，称襄京，自称老府奉天倡义大将军，寻改称大元帅”。清谷应泰《明史纪事本末》卷七八亦载，李自成攻占襄阳后，“群贼俱奉其号令，推自成为奉天倡义文武大元帅，号汝才曰代天抚民德威大将军”。《明史•李自成传》也说，李自成攻占承天等地后，“自成自号奉天倡义大元帅，号罗汝才代天抚民威德大将军”。前四部历史文献的作者皆为明末清初人，属于当时人记当时事，可信度应该比较高。《明史》乃清王朝御敕编修的史书，史料价值也比较高。对于李自成的大元帅名号，五部文献的记载虽然略有出入，但称呼中皆有“倡义”二字。显然，如果李自成铸大元帅印，那么印文中就应该含有“倡义”二字。永昌金印却并无此二字，说明它可能并不是李自成的元帅印。

更为重要的是，永昌金印并不符合李自成起义军官印的特点。李自成与张献忠虽然同为明末起义军首领，但二者的印制并不相同。李自成官印的特点是，“由于李自成的父亲名印家，故避讳‘印’字，改印为契、信、符、记等。印面有正方和长方两种，多用錾凿法制成，篆书方正，线条坚硬”，与明王朝官印区别比较大；而张献忠的官印，除“自己的印章称‘西王之宝’，而其他官印则都称‘印’……大西政权的官印不同于大顺政权的官印，篆书采用叠篆，而更接近于明王朝的官印”。永昌金印的印文称“印”，而不称“契”、“信”、“符”、“记”，印文书体也采用九叠篆，比较起来，显然与李自成起义军的印制存在很大的差异，反而更接近于张献忠起义军的官印。此印为张献忠所铸和使用的可能性非常大。

有的学者提出，永昌金印或许为李自成所铸而颁布给张献忠使用的。从《明史》《流寇志》和《明季北略》的记载看，除崇祯十四年张献忠兵败后曾短暂投靠李自成外，张、李二人之间并无长期的统辖关系，两支起义军是各自独立的军事力量。而且，从文献记载看，张、李二人的关系并不融洽。这里略举两例。崇祯十四年，张献忠为左良玉击败后，投靠李自成却险些被杀。《明史•张献忠传》载：

众道散且尽，从骑止数十。时（罗）汝才已先与自成合，献忠遂投自成。自成以部曲遇之，不从。自成欲杀之，汝才谏曰：“留之使扰汉南，分官军兵力。”乃阴与献忠五百骑，使遁去。崇祯十六年，张献忠攻取汉阳、武昌，招致李自成的嫉恨与威胁。《流寇志》载：

《明季北略》也有与此相同的记载。可见，张、李二人之间的矛盾是相当严重的。20世纪80年代初，袁庭栋还曾专门撰文，对张、李二人的矛盾冲突做过深入讨论。在矛盾冲突严重的情况下，李自成不可能将代表最高军事权力的大元帅金印颁发给张献忠，张献忠也不会接受李自成的任命。

的确现存的历史文献中没有关于张献忠称“大元帅”的记载。但是文献也有局限性，不能因为文献没有记载，就完全否定张献忠自称或被尊称为“大元帅”的可能性，毕竟文献也存在失载的可能。事实上，从一些零星线索来看，张献忠还是有可能在其军队中设置并自任“大元帅”一职的。在政权和军队建设上，张献忠往往是“紧跟”李自成步伐的。崇祯十六年（1643年）正月，李自成攻陷襄阳，在此称王，初步建立政权，任命地方官吏，整顿军队。同年五月张献忠攻陷武昌，六月也在此地称王，初步建立政权，任命地方官吏和军事将领。崇祯十七年（1644年）正月，李自成在西安建国改元，正式建立大顺政权。同年八月，张献忠攻陷成都，很快也在此地建国改元，正式建立大西政权。从上述事例中可以看出，张献忠“效法”李自成的意味很浓，欲与李自成争雄的意图亦很明显。因此，既然李自成能称“奉天倡义大元帅”，那么张献忠为何不可以称“永昌大元帅”呢？按照张、李二人的竞争关系，以及张献忠的心态及行事风格，这是完全有可能的，只是文献失载而已。    

还有论者提出，永昌金印使用者可能为孙可望或者李定国等张献忠部下。查阅明末清初文献，在张献忠1646年十二月败亡之前，张献忠起义军的最高军事领导人皆为张献忠本人，而孙可望、李定国等人在起义军中地位的提高，实际掌握军队的领导权，乃是张献忠死亡、余部投奔南明政权之后的事。永昌金印铸造于1643年，而“张献忠江口沉银遗址”的形成，据清彭遵泗《蜀碧》记载，是顺治三年（1646年）夏，张献忠起义军与南明地方武装杨展部在彭山区江口镇一带激战的结果。可见，无论是在军队地位上，还是在永昌金印的铸造时间，以及“张献忠江口沉银遗址”的形成时间上，孙可望、李定国等人，都不可能与永昌金印发生关联。

永昌金印铸造于1643年十一月，此时前后正是张献忠农民起义军席卷湖南、江西之时，队伍扩张非常迅速，特别是攻占长沙后，“献忠在长沙增兵为九营，四营皆老卒，五营皆新附”。在这种形势下，整顿军队，进一步理顺统帅关系，提高战斗力，是很有必要的。张献忠称“永昌大元帅”，应该就是其整顿军队的措施之一。

铭文书体、内容和形制特点表明，永昌金印应为明代遗物。该印应为明末张献忠起义军所铸，为这支起义军的最高统帅张献忠所使用。此印的发现，一方面进一步丰富了“张献忠江口沉银遗址”的文物种类，另一方面反映了张献忠起义军在崇祯末年的发展壮大，填补了明末清初历史文献关于张献忠军队建制的一些记载空白。这方金印对于研究张献忠起义军的军事制度，探讨张献忠的政权建设，乃至探寻明末清初历史，皆具有重要的意义和价值。