大运河淮安段要素为清口枢纽、总督漕运公署遗址2处遗产区，包含1段河道，即淮扬运河淮安段;5处遗产点，即清口枢纽、双金闸、清江大闸、洪泽湖大堤、总督漕运公署遗址。大运河淮安段申报的遗产区面积为3979公顷，缓冲区面积为6289公顷，总计10268公顷。其中“清口枢纽”是为解决运河会淮穿黄的难题而建设的大型综合性水利枢纽，在工程规划设计、工程技艺等方面代表了农业文明时代最高的科技价值，成为大运河申遗中阐释大运河价值的一个重要佐证;“总督漕运公署遗址”是现存最重要的国家级漕运管理机构遗址;总督漕运公署为明清两代管理漕运事务的最高机构，主要职能是管理全国漕运事务，以及南粮北调的筹运工作。

清口是京杭大运河与黄河、淮河的交汇点，治黄、导淮、济运、通漕、减灾等一系列工程设施构成了复杂的清口枢纽工程，加之二河、淮沭河等许多现代水利工程在此聚集，被誉为“中国水工历史博物馆”。为了给申遗工作提供更加丰富独特的佐证资料，经国家文物局批准，淮安市于2011年至2013年实施了一系列考古发掘工作。经过为期3年的努力，全面掌握了清口枢纽遗址等遗产的分布范围，挖掘、揭示了天妃闸石工、惠济祠遗址、顺黄坝等关键点段的结构布局、设计原理以及地下埋藏方向，诸多被时间封存和人们忽略遗忘的运河遗存得以真实呈现。