凤山水门占地面积约382平方米，平面呈矩形，为单拱门洞，城门列长9.95米，残高3.8米，宽12.8米。门洞由多个不同跨径的石拱券并联而成，纵联分节并列法砌筑，北孔高2.8米，跨径5.7米，南孔高1.92米，跨径4.3米。门洞中有石砌方形闸槽，闸挡后有石雕门臼，原安有闸门可以启闭，今已缺失。水门南面拱券上方城墙上嵌有 “凤山水门”石刻字牌。城墙总厚度12.3米，残存长22.49米。凤山水门是杭州仅存的一座古代城门，具有城市历史地理坐标作用与重要研究价值。水城门下的河道为元代砌筑，其形制、布局、构造是研究城市水运管理的实物史料。

2013年3月5日，凤山水门作为“大运河”子项被中华人民共和国国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。2014年6月22日，凤山水门作为大运河遗产点被联合国教科文组织世界遗产委员会列入《世界文化遗产名录》。