苏巴什佛寺遗址为佛教的早期传播轨迹提供了珍贵证据。其寺庙建筑遗址内朽木进行碳14测定， 可早至三世纪；遗址西北部分石窟据推测，也早至4世纪或更早。据文献记载，古龟兹地区在3-9世纪一直是西域重要的佛教中心。

       苏巴什佛寺在历史上曾经沿用近千年。它在汉唐时期丝绸之路上著名的龟兹古国享有盛誉,自魏晋至唐宋时期,一直是西域重要文化中心之一,在东西方文化交流中发挥过十分重要的作用。

       中国古代三大佛经翻译家之一的龟兹高僧鸠摩罗什曾在此开坛讲经。此寺至隋唐达到繁盛，僧侣曾多达万人，香火甚盛，唐玄奘西去天竺取经路经此地，亦驻留两个多月。7世纪中叶(公元658年)，唐朝“安西都护府”移设龟兹后，内地高僧云集，该寺佛事兴隆，晨钟暮鼓，幡火不绝.

       直至9世纪被战火摧毁。14世纪，伊斯兰教进入塔里木盆地后，此寺彻底废弃。