高昌故城又称“亦都护城”（突厥语意为“王城”），位于新疆维吾尔自治区吐鲁番市以东约30千米的三堡乡，地处东天山以南、吐鲁番盆地北缘与火焰山南麓戈壁滩接壤的冲积平原地带—木头沟河绿洲上，周围地势平坦。北距火焰山南麓的胜金口约6.5千米，东距鄯善县城55千米，北距阿斯塔纳古墓群3千米，东北距胜金口石窟7.5千米。在唐代时是天山南麓的重要政治、经济、文化、宗教、军事中心和交通枢纽。9-13世纪发展成为高昌回鹘王国的国都。它见证了古代西域地区高昌国、高昌回鹘王国等文明，展现了城市的文化、建筑技术、多种宗教和多民族文化在吐鲁番盆地的交流传播。1961年，被国务院公布为第一批全国重点文物保护单位。

高昌故城是古代西域地区规模最大的都城，现存外城、内城和宫城（可汗堡）三重城，墙体外有马面等附属设施，墙体为夯筑和土坯垒砌。城址内分别有大量宗教建筑遗址和房屋遗址，如西南大佛寺、东南小寺、东南房屋遗址等。城外有护城濠放入遗迹，西北部2.5千米处有西晋唐代高昌地区的古墓群—阿斯塔那古墓群。现存遗址可以确认西门遗迹位置，2014年经考古发掘发现确认了南门遗址的位置。

外城城墙平面轮廓呈不规则方形，周长约5500米，面积约198平方米，城墙遗址最高处尚存11米。外城北部建筑遗址密集，西北部土台基址存少量遗迹，西南部主要为一座寺院遗址及其北东南三面的联排式房址。寺院基址的平面呈矩形，四周高墙环绕，门向朝东，门道两侧有高大的建筑遗址。庭院的正面为佛殿遗址，殿内中心柱南面尚存佛龛，上部小佛龛中留有抹灰与绘制背光的遗迹；庭院右侧为方形穹隆顶建筑遗址，残存下部墙体及东北隅墙体交角上部圆拱；佛殿的北、西、南三面为排房遗址。

内城周长约3420米，面积约80万平方米。内城墙体为夯筑而成，东墙残缺；西墙北段仅存数段残墙；南段有墩台状遗迹。内城西北部尚存较多建筑遗址，遗迹类型较丰富，其中较显著者有靠近西墙的高台及上部塔式建筑遗迹。南部残留建筑遗迹较少，中部与西部有较大规模的建筑遗迹。

宫城位于内城城内北部，仅存南、西、北三面城墙。城内北部有一面积约900平方米土台。土台上有塔形建筑遗址。土台西侧有下沉式庭院遗址；南侧正中和西北角有台阶；南侧有大片建筑遗迹。地面上分布有直径、深度不等的圆坑，但墙垣不存，布局已不可辨识。

城址中发现或出土的文物有：与佛教、摩尼教、景教等相关的文物，如壁画、塑像残件、绢或麻布幡画、供具等，汉文、梵文、波斯文、粟特文、回鹘文等文的文书或雕刻物，建筑构件，丝织品和金属饰品等。